Un proto-eucariote inghiotte un batterio, oppure il batterio tramite un flagello penetra all’interno del proto-eucariote. Il batterio diventera’ quello che noi chiamiamo mitocondrio. Un fenomeno di endosimbiosi oppure di parassitismo, quindi. E’ ormai infatti un dato accettato che mitocondri e cloroplasti si siano originati nelle cellule eucariotiche per effetto di una simbiosi (cioè una convivenza tra specie diverse che porta vantaggio reciproco ad entrambe) tra due organismi “procariotici” ancestrali. Si ritiene che uno dei due abbia “mangiato” (o si sia introdotto nel) l’altro ma poi non sia riuscito a digerirlo (o ad uscirne), e pertanto questo secondo organismo ha cominciato a vivere dentro il primo. Col tempo questa convivenza si sarebbe mantenuta e rinforzata, fino alla completa integrazione dell’organismo simbiotico con il suo ospite, dando vita ad un organello chiamato mitocondrio. A conferma di questa teoria sono disponibili numerose prove, legate ad una serie di somiglianze tra mitocondri e batteri, che rimandiamo ad un secondo momento. Lo stesso discorso potrebbe essere avvenuto, in seguito, anche per i cloroplasti.