Nonostante l’abbandono del Messico da parte dello stesso Napoleone III, il cui ritiro e’ un duro colpo per la causa imperiale, Massimiliano d’Asburgo si rifiuta di abbandonare, a sua volta, i suoi sostenitori e, ritiratosi nel febbraio 1867 a Querétaro, vi sostiene un assedio durato alcune settimane. L’11 maggio l’Imperatore Massimiliano decide di tentare una fuga attraverso le linee nemiche, ma viene intercettato e, sottoposto ad una corte marziale, condannato alla fucilazione. Molti sovrani d’Europa ed altre preminenti figure (tra cui Victor Hugo e Giuseppe Garibaldi) inviano messaggi e lettere in Messico affinché venga risparmiata la vita a Massimiliano, ma Juárez rifiuta di commutare la sentenza ritenendo che sia necessario inviare il segnale che il Messico non avrebbe mai più tollerato governi imposti da potenze straniere. In particolare, si rifiuta di intervenire il “padrino politico” di Juárez, o il presidente statunitense Andrew Johnson, il quale vuole dare una manifesta riaffermazione della Dottrina Monroe. Memorabile, in quanto truce e sanguinosa, ma del tutto inutile, che già il ritiro di Napoleone III sarebbe bastato a ricordare agli Europei la potenza degli Stati Uniti. La sentenza viene eseguita il 19 giugno 1867 da un plotone di esecuzione composto da sette unità; insieme a Massimiliano vengono fucilati i generali Miguel Miramón e Tomás Mejía. Il corpo di Massimiliano I venne imbalsamato ed esposto in Messico, prima di essere sepolto, l’anno successivo, nella Cripta Imperiale a Vienna.
