La storia del cromosoma Y diverge da quella del cromosoma X.. Ovvero una mutazione casuale da’ origine ad un allele che conferisce il carattere sessuale indipendentemente dalla temperatura, come invece avveniva prima in molti vertebrati. 184 geni dell’Y facevano gia’ parte dei cromosomi sessuali (X) ancestrali circa 300 milioni di anni fa. Questo carattere sessuale risultera’ vincente e sara’ favorito dall’evoluzione. Ciononostante il cromosoma Y umano, ad esempio, conserva attualmente solo 19 dei 600 geni originali, ma risulta particolarmente stabile ultimamente: negli ultimi 25 milioni di anni ha perso solo un gene.